Sähköiseen reseptiin liittyy vielä ongelmia ja kehittämiskohteita, ilmenee äskettäin julkaistusta Itä-Suomen yliopistossa tehdystä tutkimuksesta.
Sähköisen reseptin käyttö ei ole farmaseuttisen henkilöstön mielestä vielä teknisesti täysin sujuvaa. Erityisesti sähköisen reseptin korjaaminen on vaikeaa ja hidasta. Sähköiset reseptit voivat myös olla väärin tai puutteellisesti kirjoitettuja. Resepteissä annosohjeet oli usein kirjoitettu lyhenteillä, mikä hidastaa reseptintoimitusta ja voi aiheuttaa väärintulkintoja. Lisäksi reseptimerkinnät, kuten lääkkeen kokonaismäärä, lääkevaihtokielto ja poikkeava annos, voivat olla väärissä tietokentissä tai ne puuttuvat, mikä vaikeuttaa reseptin toimittamista.
Farmaseuttisen henkilöstön mielestä osalla lääkkeiden käyttäjistä on vaikeuksia seurata sähköisistä resepteistä, mitä lääkkeitä heille on määrätty, kuinka paljon lääkkeitä on vielä saamatta ja milloin resepti vanhenee. Ongelma koskee erityisesti iäkkäitä ja henkilöitä, joilla ei ole tietokonetta, internetiä tai verkkopalvelutunnuksia.
Väestö tarvitsee enemmän tietoa sähköisestä reseptistä ja siihen liittyvistä käytännöistä ja palveluista. Henkilöille, jotka eivät käytä internetiä, tulisi kehittää avuksi muita keinoja, kuten tekstiviestimuistutuksia reseptien vanhenemisesta.
Syksyllä 2014 tehty kyselytutkimus lähetettiin kolmasosalle apteekkien farmaseuttisesta henkilökunnasta, lopullinen aineisto koostui 933 lomakkeesta eli vastausprosentti oli 67. Tutkimus on julkaistu uusimmassa Suomen Lääkärilehden numerossa.
Kelan rahoittama tutkimus on osa laajempaa Itä-Suomen yliopiston farmasian laitoksella meneillään olevaa kolmivuotista tutkimusprojektia, jossa selvitetään ovatko sähköiselle reseptille laissa asetetut tavoitteet toteutuneet lääkkeen määrääjien, apteekkien ja lääkkeiden käyttäjien näkökulmista.